Hapisten sonra hukuk eğitimini tamamlayan Aliya, sosyalist rejimin devleti önceleyen hukuk anlayışı ile kendi adalet ve insan onuru merkezli yaklaşımı arasındaki derin farkı yaşayarak tecrübe etti. Bu çatışma, onu sessiz ama sürekli bir entelektüel direnişe yöneltti.
Yugoslavya’da “Müslüman” kimliği etnik bir kategori olarak tanınmazken, Aliya düşünceleriyle kolektif kimliğin korunmasına katkı sundu. 1968’de bu kimliğin resmî olarak tanınması tarihî bir eşikti.
Kant’tan Dostoyevski’ye uzanan felsefi okumalarıyla Doğu’nun metafiziği ile Batı’nın aklı arasında bir düşünce hattı kurdu. Baskılar nedeniyle zaman zaman “LSB” gibi mahlaslar kullandı.
1960’ların sonlarından itibaren kaleme aldığı Doğu ve Batı Arasında İslâm, İslâm’ı beden–ruh ve birey–toplum arasında denge kuran bir medeniyet tasavvuru olarak ele aldı. Kitap yayımlandıktan sonra İslam dünyasında geniş yankı uyandırmış ve 1983 yılında tutuklanmasının başlıca gerekçelerinden biri olarak değerlendirilmiştir.